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Text File  |  1995-03-04  |  4.9 KB  |  103 lines
  1. **********************************************************
  2. * Eukaryotic putative RNA-binding region RNP-1 signature *
  3. **********************************************************
  4.  
  5. Many eukaryotic proteins  that are known or  supposed  to bind single-stranded
  6. RNA contain one or more  copies of a putative  RNA-binding  domain of about 90
  7. amino acids [1,2]. This region has been found in the following proteins:
  8.  
  9.    ** Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins **
  10.  - hnRNP A1 (helix destabilizing protein) (twice).
  11.  - hnRNP A2/B1 (twice).
  12.  - hnRNP C (C1/C2) (once).
  13.  - hnRNP E (UP2) (at least once).
  14.  
  15.    ** Small nuclear ribonucleoproteins **
  16.  - U1 snRNP 70 Kd (once).
  17.  - U1 snRNP A  (once).
  18.  - U2 snRNP B'' (once).
  19.  
  20.    ** Pre-RNA and mRNA associated proteins **
  21.  - Protein synthesis initiation factor  4B (eIF-4B) [3], a  protein  essential
  22.    for the binding of mRNA to ribosomes (once).
  23.  - Nucleolin (4 times).
  24.  - Yeast single-stranded nucleic acid-binding protein (gene SSB1) (once).
  25.  - Yeast protein NSR1 (twice). NSR1  is  involved  in  pre-rRNA processing; it
  26.    specifically binds nuclear localization sequences.
  27.  - Poly(A) binding protein (PABP) (4 times).
  28.  
  29.    ** Others **
  30.  - Drosophila sex determination protein Sex-lethal (Sxl) (twice).
  31.  - Drosophila sex determination protein Transformer-2 (Tra-2) (once).
  32.  - Drosophila 'elav' protein (3 times), which is  probably involved in the RNA
  33.    metabolism of neurons.
  34.  - Human paraneoplastic encephalomyelitis antigen HuD (3 times) [4],  which is
  35.    highly similar to  elav  and  which  may play a role in neuron-specific RNA
  36.    processing.
  37.  - Drosophila 'bicoid' protein (once) [5], a segment-polarity homeobox protein
  38.    that may also bind to specific mRNAs.
  39.  - La antigen (once), a protein which  may play a role in the transcription of
  40.    RNA polymerase III.
  41.  - The 60 Kd Ro protein (once), a putative RNP complex protein.
  42.  - A maize protein induced by abscisic acid in response to water stress, which
  43.    seems to be a RNA-binding protein.
  44.  - Three  tobacco  proteins,  located  in  the  chloroplast  [6], which may be
  45.    involved in splicing and/or processing of chloroplast RNAs (twice).
  46.  - X16 [7], a mouse  protein  which  may  be  involved  in  RNA processing  in
  47.    relation with cellular proliferation and/or maturation.
  48.  - Nucleolysins  TIA-1  and  TIAR  (3  times)  [8] which possesses nucleolytic
  49.    activity against  cytotoxic  lymphocyte  target  cells.  may be involved in
  50.    apoptosis.
  51.  - Yeast RNA15 protein, which plays a role in mRNA stability  and/or  poly-(A)
  52.    tail length [9].
  53.  
  54. Inside the  putative RNA-binding domain there are two regions which are highly
  55. conserved.  The first one is a hydrophobic  segment of six residues  (which is
  56. called the RNP-2 motif),  the second  one is  an  octapeptide  motif (which is
  57. called RNP-1 or RNP-CS). The position of both motifs in the domain is shown in
  58. the following schematic representation:
  59.  
  60.   xxxxxxx######xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx########xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
  61.          RNP-2                              RNP-1
  62.  
  63. As a signature pattern for this type of domain we have used the RNP-1 motif.
  64.  
  65. -Consensus pattern: [RK]-G-{EDRKHPCG}-[AGSCI]-[FY]-[LIVA]-x-[FYM]
  66. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  67.  for the 60 Kd Ro protein where the RNP-1 pattern starts  with His-Leu instead
  68.  of (Arg/Lys)-Gly, and X16 which has Pro in the first position of the pattern.
  69. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 20.
  70.  
  71. -Note: in most cases the residue in position 3 of the pattern is either Tyr or
  72.  Phe.
  73. -Note: this pattern will fail to detect the first occurrence of the pattern in
  74.  the poly(A) binding protein  because  it has Leu in the first position of the
  75.  pattern.   It will fail to detect one of the four copies in nucleolin because
  76.  it has Lys instead of Gly in  position 2 of the pattern.   It will not detect
  77.  the first copy of the domain in Drosophila Sex-lethal because it has a Phe in
  78.  the first position of the pattern.   Finally it will also fail to pick-up the
  79.  first copy of the pattern in elav and HuD because they  have Leu in the first
  80.  position of the pattern.
  81.  
  82. -Last update: October 1993 / Pattern and text revised.
  83.  
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